Les domaines couverts par la Bibliothèque de Genève sont vastes, mais au cœur de sa politique d’acquisition, de conservation et de mise en valeur se détachent trois ensembles particulièrement importants. Ces pôles d’excellence sont intimement liés à l’histoire la bibliothèque et à celle de Genève, dont ils reflètent en partie l’identité:
Le pôle Genevensia comprend tous les documents édités sur papier à Genève, soumis au dépôt légal, quel que soit leur sujet, mais aussi tous les documents hors dépôt légal dont l’auteur ou le sujet ont un rapport avec Genève, où qu’ils soient publiés.
Le pôle Réforme englobe l’ensemble des sujets utiles à la compréhension du phénomène dans toute son ampleur. Le protestantisme tout entier, en particulier de langue française, en fait partie (huguenots, refuge, désert…).
Les Lumières qui ont particulièrement brillé à Genève, notamment dans les domaines littéraires et scientifiques, constituent également un pôle avec l'ensemble des sujets utiles à la compréhension du "long 18e siècle". Le site de l'Institut et musée Voltaire est un point fort de ce pôle.
La notion de pôle d’excellence est transversale. C’est ainsi qu’on retrouvera dans le pôle de la Réforme, par exemple aussi bien des études sur Calvin, que des textes littéraires, des études historiques (histoire des mentalités, histoire religieuse, histoire du livre…), voire scientifiques (révolution copernicienne).
La Bibliothèque de Genève joue un rôle de bibliothèque de référence pour les ressources documentaires qui relèvent de ces pôles. Les collections qu'elle constitue et conserve dans ces domaines sont largement diffusées auprès des usagers locaux ou internationaux, par le biais du prêt entre bibliothèque, du service de reprographie ou des bibliothèques numériques qu'elle met progressivement en place.