Plusieurs axes de recherches sont actuellement menés aux CJB:
Flores et catalogues - dénombrer et identifier les espèces végétales et fongiques de plusieurs régions, pays ou continents à travers le globe (p.ex. Genève, Suisse, Corse, Paraguay, Afrique).
Systématiques - nommer et classifier la diversité des plantes, lichens et champignons.
Phylogénie et génétique moléculaires - comprendre l'origine des espèces, les relations qui les unissent et l'évolution de la diversité des plantes.
Végétation et écologie - comprendre le fonctionnement des milieux naturels ainsi que les changements induits par l'homme (p.ex. déforestation, réchauffement climatique).