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A ses débuts (en 1824), la Bibliothèque est des plus modestes, et elle le reste tout au long du XIXe siècle. Quelques achats, des dons, des legs n'accroissent que lentement le fond primitif. Son véritable essor date du début du XXe siècle, plus précisément du jour où le botaniste vaudois Emile Burnat lègue à la Ville de Genève sa prestigieuse bibliothèque botanique de 3000 volumes, qui comprend elle-même des éléments des collections de Louis Leresche, du doyen Bridel et du justicier Abraham Thomas. Peu après, la fondation Rockfeller vient à la rescousse pour assurer l'achat de nouveautés.

En 1920, la fameuse bibliothèque de Candolle est à son tour cédée par la famille du dernier botaniste de ce nom. Cette merveilleuse collection familiale se compare aisément à celles des grands musées nationaux. Autre élément de choix à rejoindre le Conservatoire, la bibliothèque Boissier est donnée en 1943 de façon permanente par l'Université, qui la tient elle-même de la générosité de la famille Boissier. Par la suite, la Bibliothèque peut accueillir des compléments utiles, tels que les bibliothèques de la Société botanique de Genève et de la Société genevoise d'horticulture ainsi que les fonds anciens de l'Institut de botanique générale et des Laboratoires de pharmacognosie et de pharmacie galénique de l'Université.

Depuis, la Ville de Genève, dépositaire de ces richesses, permet par des crédits réguliers l'acquisition des publications nouvelles et maintient ainsi à jour la Bibliothèque.

Dans sa forme actuelle, la Bibliothèque qui compte environ 100'000 volumes, possède une belle collection d'ouvrages pré-linnéens des XVIe et XVIIe siècles et une remarquable série de folios et de quartos botaniques du XVIIIe siècle, pour la plupart richement ornés de gravures. Elle recèle la quasi totalité des ouvrages et articles parus dans les domaines de la floristique mondiale et de la taxonomie des plantes. On peut aussi y trouver des collections appréciables d'ouvrages relatant des voyages et des explorations botaniques, des ouvrages de botanique appliquée ainsi que de solides éléments sur toutes les autres branches de la botanique.

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