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Avec ses quelque 6'000.000 d’échantillons, l'herbier des CJB est un des plus importants au monde. Héritier d'une longue tradition botanique genevoise qui remonte au XVIIIème siècle, il rassemble des végétaux et des champignons du monde entier, mais particulièrement de la région méditerranéenne, du Proche- et Moyen-Orient, d'Amérique du Sud et d'Europe.

L'herbier n'est pas ouvert au public. Cependant, des visites de groupe sont organisées plusieurs fois par an dans le cadre de l'accueil des publics.