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Lieu de recherche scientifique voué aux sciences de l'Homme, autrement dit à l'observation de l'humain, des individus, des groupes, des sociétés et de leur histoire, le Musée d'ethnographie a un rôle pédagogique précis: partager avec ses différents publics les acquis les plus récents de l'ethnologie et de l'anthropologie sociale et culturelle. Il doit mettre en évidence les mécanismes humains et sociaux de la création culturelle, en s'appuyant également sur des spécialités aussi diverses que la biologie, la démographie, la psychologie, l'histoire, la culture, l'étude des mythes, la linguistique, l'esthétique, le religieux, le politique ou l'économie.
Le Musée d'ethnographie de Genève souhaite que ces savoirs servent à la compréhension mutuelle entre porteurs de cultures différentes et au combat contre les préjugés, les fausses représentations, les replis identitaires, le racisme et l'intolérance.
La plupart des expositions et autres manifestations publiques sont soit le résultat d'un travail de terrain, soit celui d'une enquête théorique où les objets jouent aussi un rôle de vecteurs de connaissance pour l'interprétation des cultures. Pour assurer ces recherches souvent longues et les publications qui en découlent, les conservateurs et chercheurs du Musée collaborent en permanence avec les universités et avec des spécialistes des domaines abordés extérieurs à l'institution.