La collection photographique, riche de 100'000 négatifs et positifs représentant le monde et ses sociétés de la fin du 19e siècle à nos jours, reflète aussi la manière dont s’est construite la discipline ethnographique au sein de l’institution. Le fonds initial se constitue dès 1901 avec la documentation scientifique d’Eugène Pittard (1867-1962). À celle-ci s’ajoutent, jusque dans les années 1950, celles de ses collègues, dont l’anthropologue Ernest Chantre (1843-1924), l’explorateur Alfred Bertrand (1856-1924), le géologue Edgard Aubert de La Rüe (1901-1991) ou encore l’ingénieur William Briquet (1862-1920).

À partir des années 1970, la collection se développe avec la généralisation des missions de terrain et les images rapportées par les conservateurs du MEG, dont celles de l’africaniste Claude Savary (1939-2014) ou des américanistes René Fuerst (né en 1933) et Daniel Schoepf (né en 1941). Au cours des vingt dernières années, elle s’est encore enrichie de donations remarquables, comme celle de Jacques Faublée (1912-2003) ou de Georges Bourdelon (1924-2000).

Depuis 2015, la politique d’acquisition s’est résolument tournée vers la photographie contemporaine inspirée par les thématiques des récentes expositions temporaires. Ces dernières ont permis de découvrir notamment les œuvres d’Aurélien Fontanet (né en 1982), de Michael Cook (né en 1968), de Christian Lutz (né en 1973) et de Fabrice Monteiro (né en 1972).