Les expositions permanentes sont réparties sur 5 étages et demi (près de 10'000 m2 de surface d'exposition).
Dans le hall d'entrée, quatre terrariums abritent des serpents exotiques et Janus, la célèbre tortue à deux têtes née dans une couveuse du Muséum le 3 septembre 1997.
Le bassin central, longtemps occupé par Ali, l'alligator qui vécut au Muséum de 1958 à 1990, héberge actuellement un squelette d'éléphant d'Asie, un squelette de souris et un squelette d'homme.
Le hall des 1er et 2e étages et le fond de la galerie du 3e étage sont réservés pour de petites expositions temporaires. Au 1er étage, face à la cafétéria, un coin lecture est réservé aux petits.
Une section du 3e étage est consacrée à l'accueil des grandes expositions temporaires.
Dans l'espace vidéo au fond du 3e étage, des films en relation avec nos expositions ou des sujets d'actualité passent en boucle.
Les nouveautés scientifiques sont signalées avec des panneaux "ACTUscience".
dépliant du Muséum, adaptation pour Internet (pdf, 1M)