Le Musée d’histoire des sciences présente ses collections dans des salles d’exposition thématiques au rez-de-chaussée et au 1er étage de la villa Bartholoni.
Plusieurs salles du 1er étage sont dévolues aux expositions temporaires.
Une salle de projection se trouve au sous-sol du bâtiment.
Le grand salon du rez-de-chaussée sert d’espace d’accueil pour différentes activités du Musée: conférences, cafés scientifiques, vitrine d’actualité scientifique, etc.
Une flânerie scientifique dans le parc de la Perle du Lac permet de compléter la visite. Ce dernier accueille tous les deux ans la Nuit de la science.