Les magnifiques collections du Musée d'histoire des sciences ont donné lieu à de nombreuses études, soit spécifiques sur un type d'objet, soit plus globales ou en lien avec un savant particulier. Une collaboration régulière s'est instaurée au fil du temps entre l'équipe du Musée et les chercheurs de différentes universités et plus particulièrement celle de Genève.
Par ailleurs, le Musée s'insère dans un réseau de centres de compétence en vulgarisation scientifique et contribue à une réflexion théorique dans le domaine du dialogue entre sciences et société.