Unité de phylogénie et génétique moléculaire

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Laboratoire de phylogénie et génétique moléculaires
(resp. Dr M. Perret)

Le but du laboratoire est de comprendre l’évolution de la biodiversité à partir de l’analyse de données moléculaires. Les activités de recherches sont menées tant au niveau interspécifique, avec les approches phylogénétiques, qu’intraspécifique, avec les outils de la génétique des populations et de la phylogéographie.

Nos résultats permettent de reconstruire l’histoire évolutive des plantes et des champignons (arbre du vivant), d’améliorer leur classification et d’expliquer l’origine de leur extraordinaire diversité.

Techniques utilisées dans notre laboratoire

• Extraction d’ADN à partir d'échantillons d’herbier ou frais
• Amplification par PCR et séquençage d’ADN
• Mise au point de marqueurs microsatellites et génotypages
• Clonage de fragment d’ADN
• Séquençage « next generation » (NGS) et construction de librairies

L’unité a une capacité d’accueil de 6 à 8 personnes à temps plein. Le laboratoire est équipé d’un séquenceur automatique (GenomeLab GeXP™ Genetic Analysis System) permettant également l’analyse de fragments d’ADN (microsatellites, AFLP, SNP), de plusieurs appareils PCR, d’une PCR quantitative (Corbett RotorGene) et de tout l’équipement classique d’un laboratoire de biologie moléculaire.

Projets de recherches des CJB utilisant notre laboratoire

• Etudes systématiques du genre Usnea Adans.
• Spéciation, diversification et structuration intraspécifiques
• Systématique des Arecaceae
• Systématique et évolution des Gesneriaceae Neotropicales
• Systématique et taxonomie des Aquifoliaceae
• Systématique et taxonomie des Sapotaceae de Madagascar

Formation universitaire et professionnelle

Le laboratoire accueille des étudiants de l’Universités de Genève dans le cadre de travaux de doctorat ou de Master (orientation « Biodiversité et Systématique » ou « Sciences Moléculaires du Végétal »). Le laboratoire accueille également des étudiants d’autres institutions suisses ou internationales (doc, postdoc) et forme des apprentis laborantins en biologie (CFC) en lien avec l’AGEMEL.

Membres actuels du laboratoire

• Staff
  • Mathieu Perret (Conservateur)
  • Yamama Naciri (Conservatrice)
  • Camille Christe (Adjointe Scientifique)
  • Régine Niba (Laborantine)
• Etudiants
  • Ezgi Ogutçen, Post-doctorante FNS (2018-2020)
  • Carlos Galan Boluda, Post-doctorant FNS et Fondation Franklinia (2017-2022)
  • Aina Randriarisoa, PhD, Boursière d'excellence de la Confédération Helvétique (2018-2021)
  • Antoine Jousson, Master en Systématique et Biodiversité (2018-2020)
  • Karine Durand, Master en Systématique et Biodiversité (2018-2020)
  • Daniel Rodrigues Nunes, Master en Systématique et Biodiversité (2018-2020)
• Apprentis
  • Dani Cardoso (2016-2020)
  • Antonio Castro Barriero (Apprenti laborantin en biologie, 2018-2020)
  • Samuel Jordan (Stagiaire, 2019)
• Collaborateurs et étudiants associés
  • Gabriel E. Ferreira (PhD, INPA, Manaus, Brésil)
  • Andréa O. Araujo (Prof. Univ Universidade Federal do ABC, Brésil; site web)
• Anciens étudiants
  • Marcele Farias do Valle (Master en Systématique et Biodiversité obtenu en 2019)
  • Luisa Carvalho (CFC de laborantine obtenu en 2019)
  • Alice Gerlach (PhD obtenu en 2018, Swiss Government Excellence Scholarships, Université de Porto Allegre, Brésil)
  • Zeynep Toprak (Postdoc en collaboration avec Prof. Bengt Oxelman, University of Göteborg, Suède)
  • Gabriel E. Ferreira (PhD obtenu en 2019, INPA, Manaus, Brésil)
  • Angela Cano (PhD obtenu 2018, en collaboration avec Prof. Antonelli, Univ. Göteborg, Suède)
  • Pierre-Emmanuel Du Pasquier (PhD obtenu en 2017)
  • Martha Serrano-Serrano (PhD obtenu en 2016, codirection avec Prof. Salamin, Univ. Lausanne)
  • Rhéa Garratt (Master en Systématique et Biodiversité obtenu en 2016)

Publications récentes

NACIRI Y., C. CHRISTE, S. BÉTRISEY, Y.-G. SONG, M. DENG, G. GARFÍ & G. KOZLOWSKI. 2019. Species delimitation in the East Asian species of the relict tree genus Zelkova (Ulmaceae): a complex history of diversification and admixture among species. Molecular Phylogenetics and Evolution 134:172-185.

GERLACH A. DA C.L., Z. TOPRAK, Y. NACIRI, E. ARAUJO CAVIRÓD, R.M. BORGES DA SILVEIRA, & P. CLERC. 2019. New insights into the Usnea cornuta aggregate (Parmeliaceae, lichenized Ascomycota): Molecular analysis reveals high genetic diversity correlated with chemistry. Molecular Phylogenetics and Evolution 131:125-137.

CANO A., C. D. BACON, F. W. STAUFFER, A. ANTONELLI, M. L. SERRANO-SERRANO, & M. PERRET. 2018. The roles of dispersal and mass extinction in shaping palm diversity across the Caribbean. Journal of Biogeography 45:1432-1443. (DOI: 10.1111/jbi.13225)

DU PASQUIER P.-E., D. JEANMONOD & Y. NACIRI. 2017. Morphological convergence within recently diversified Silene gigantea complex (Caryophyllaceae) in the Balkan Peninsula and SW Turkey, with the description of a new subspecies. Botanical Journal of the Linnean Society 183: 474–493.

CHAUTEMS A. & M. PERRET. 2017. Description and phylogenetic position of a new species of Nematanthus (Gesneriaceae) from Bahia, Brazil. Candollea 72 (2): 353-361.

SERRANO-SERRANO M. L., A. MARCIONETTI, M. PERRET, & N. SALAMIN. 2017. Transcriptomic resources for an endemic Neotropical plant lineage (Gesneriaceae). Applications in Plant Sciences 5(4): 1600135; http://www.bioone.org/loi/apps

NACIRI Y., P.-E. DU PASQUIER, M. LUNDBERG, D. JEANMONOD & B. OXELMAN. 2017. A phylogenetic circumscription of Silene sect. Siphonomorpha (Caryophyllaceae) in the Mediterranean Basin. Taxon 66 (1): 91-108.

SERRANO-SERRANO M. L., J. ROLLAND, J. L. CLARK, N. SALAMIN AND M. PERRET. 2017. Hummingbird pollination and the diversification of angiosperms: an old and successful association in Gesneriaceae. Proceedings of the Royal Society B 284: 2016.2816.

ARAUJO A. O., A. CHAUTEMS, P. CARDOSO-GUSTAVSON, V. C. SOUZA, AND M. PERRET. 2016. Taxonomic Revision and Phylogenetic Position of the Brazilian Endemic Genus Sphaerorrhiza (Sphaerorrhizineae, Gesneriaceae) Including Two New Species. Systematic botany 41: 651-664.

FERREIRA G. F., A. CHAUTEMS, M. J. G. HOPKINS, AND M. PERRET. 2016. Independent evolution of pouched flowers in the Amazon is supported by the discovery of a new species of Lesia (Gesneriaceae) from Serra do Aracá tepui in Brazil. Plant Systematics and Evolution, 302 (8) : 1109–1119.

NACIRI Y., LINDER P. (2015). Species identification and delimitation: the dance of the seven veils. Taxon, 64: 3–16.

LEUZINGER M., NACIRI Y., DU PASQUIER P.-E. & JEANMONOD D. (2015). Molecular diversity, phylogeography and genetic relationships of the Silene paradoxa group of section Siphonomorpha (Caryophyllaceae). Plant Systematics and Evolution, 301(1): 265-278.

SERRANO-SERRANO M. L., M. PERRET, M. GUIGNARD, A. CHAUTEMS, D. SILVESTRO AND N. SALAMIN. 2015. Decoupled evolution of floral traits and climatic preferences in a clade of Neotropical Gesneriaceae. BMC Evolutionary Biology 15: 247.

CHRISTE, C., G. KOZLOWSKI, D. FREY, L. FAZAN, S. BETRISEY, S. PIRINTSOS, J. GRATZFELD & NACIRI Y. (2014). Do living ex situ collections capture the genetic variation of wild populations?: a molecular analysis of two relict tree species: Zelkova abelica and Zelkova carpinifolia. Biodiversity & Conservation, 23: 2945-2959.

CHRISTE C., KOZLOWSKI G., FREY D., BÉTRISEY S., MAHARRAMOVA E., GARFÌ G., PIRINTSOS S. & NACIRI Y. (2014). Footprints of past intensive diversification and structuring for the genus Zelkova (Ulmaceae) in south-western Eurasia. Journal of Biogeography, 41: 1081-1093.

CHRISTE C., CAETANO S., AESCHIMANN D., KROPF M., DIADEMA K., NACIRI Y. (2014). The intraspecific genetic variability of siliceous and calcareous Gentiana species is shaped by contrasting demographic and re-colonization processes. Molecular Phylogenetics and Evolution 70: 323-336.

GAUTIER L., NACIRI Y., ANDERBERG A.A., SMEDMARK J.E.E., RANDRIANAIVO R. & SWENSON U. (2013). A new species, a new genus and a new tribe of Sapotaceae, endemic to Madagascar. Taxon 62: 972-983.

PERRET M., A. CHAUTEMS, ARAUJO A. O., AND N. SALAMIN. 2013. Temporal and spatial origin of Gesneriaceae in the New World inferred from plastid DNA sequences. Botanical Journal of the Linnean Society 171: 61-79.

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